原工业、通讯、能源、交通委员会管辖下的通讯和交通部分独立出来，分别成立电信总公司，邮政交通局，原属于该委员会的建筑组独立成为临高建筑总公司。委员会属下新设水务局和电力总公司。
农业委员会不做变化，同时明确授权其有可经营食品加工企业。农业部管理的穿越众食堂移交给办公厅，劳工食堂移交给民政委员会。
外交与商业委员会，下设外事部、外贸公司和驻外站。负责一切对外联系的事务，包括谈判、贸易、交涉等等。所谓外贸：是指穿越者直接参与的针对临高以外的地区的所有对外贸易。广州先遣站在编制上隶属于委员会。该委员会的机构和成员也担负着搜集情报资讯的任务，同时向情报委员会负责。
计划委员会不做大的调整，但其属下的财政金融委员会独立出来成单独的部门。地位与其他委员会相同。马千瞩继续担任计委委员，程栋出任财政金融委员。
军事委员会进行了重大调整，正式组建了总参谋部、教导总队、6军部和海上力量部。其中总队海上力量部不仅负责海军事务，还承担包括海运、渔业生产、渔政管理等所有海上事务。教导总队管理的是全体健康的成年男性穿越者，使用的是现代化武器，一旦生意外土著军队靠不住的情况下，就动员教导总队。过去军事组内的穿越者民兵构成其骨干。
新设了内务委员会，作为统御强力部门的总指挥机构，其下新设警察总部、海关，原治安组改编为政治保卫总署，原军事委员会体系下的内务部队并入政治保卫总署。
文宣部：下设广播电台、印刷厂、宣传处。正式给予临高时报社编制、
资源部：设远程资源勘探队、大图书馆、测量队。
教育部：负责当地的教育工作。
情报委员会：除了拥有对外情报处这一直接派出和掌握专职情报人员的机构之外，它还充当情报协调和分析机构的角色。负责对从军队、外事外贸、政治保卫等各个方面汇总过来的情报消息进行分析汇总。广州派遣站就受到它和外交商业委员会的双重领导。
这个新体系职权较为明确，又照顾到了各方的需要，大家都比较满意。接着马千瞩乘热打铁，宣布自即日起，采取项目立项审批制度，任何部门未经过计委立项审批的，不得随意上马任何新设施新工程。
“前一阶段，各个部委都争先恐后的为自己改善办公环境，造楼房，搞装修，置办家具。一个个的都做起享福的准备，”马千瞩一脸沉痛的模样，“消耗了多少人工、水泥、砖瓦！”
“同志们，我知道大家冒着危险，千辛万苦的来到这个时空，无非是想要衣食无忧，富贵荣华，为官做宰。眼下大家日子过得逍遥自在，虽然艰苦点，每天弄几盘海鲜，整两盅小酒，日子过得确实是相当不错的。还有同志在打生活秘书的主意。这个不是不可以。
“但是我们也要记得老话：人无远虑，必有近忧。眼前穿越政权不过是盘踞在临高这个小小县城的一隅，海盗郑芝龙、诸彩老、刘香虎视眈眈，大明军队来围剿也是迟早的事情，还有各式各样的外国强盗，我们是睡在一个火山口上！千万不要掉以轻心！”
众人一脸严肃的看着马千瞩。接着他花了十分钟痛斥6军私建俱乐部的行为，表达出对这样无组织无纪律现象的极其痛心。6军的一干人没想到自己居然被马千瞩拉出来当活靶子。一个个垂头丧气。
“6军俱乐部的事情，因为已经完成了7o％以上，这里就不再要求停工了。不过下不为例啊。”虽然马千瞩把6军俱乐部拉出来重点批斗了一番，但是和所有类似这样的事情一样，很有中国特色的了结了