爱丽丝一开始依旧无法放心白后，毕竟她已经对红后有心理阴影了。然而随着时间的推移，白后在基地重建中提供了大量帮助。爱丽丝也渐渐收起了敌对心理，麦考夫走时就向她解释过了，白后的ai第一原则是以开发出血清，为了达到这个目的，白后不会在意任何立场，保护伞公司也好，爱丽丝这边也好。更何况爱丽丝的血液本身也是开发血清的关键。有了爱丽丝的配合，研究很可能在短时间内有所突破。
基地中目前已经迎来了两拨幸存者的加入。第一波毫无疑问是克莱尔的车队，当看到基地中无数个爱丽丝的时候，克莱尔和卡洛斯他们都惊呆了。并且在很长一段时间内，都无法适应，每次都会看错。最后克隆体们纷纷留了和爱丽丝不一样的发型，有的选择了更短，有的选择了更长，装束上也各着不同。至少不会错出现卡洛斯找克隆体谈心，或者找本体要食物的事了。
车队里有不少儿童和女人，刚好解放了后勤变质的爱丽丝们。补充到了第一梯队，开始学体术。因为克莱尔他们的加入，也有了不少能打的，也就可以一起更大范围的巡逻，清理附近地面的丧尸，以及寻找汽油更多物资。
第二批幸存者就是卡洛斯和爱丽丝1-5号巡逻是找到的，人数比不上车队，只有四五个人，但其中两个男子都对机械修理很擅长，他们的交通工具也都是自己改造的。
两批幸存者加起来也差不多将近四十多个人了，人多起来以后，不同的声音也多起来了。首先车队本来是以克莱尔为首，听她指挥，如今到了基地，有的人不愿意再听她的，而有的人则想推选克莱尔到基地管理层。而新来的幸存者，觉得车队的人抱团，既然他们想推一个管理，那么自己这边也应该推一个。除去对权利分配的争议，还有任务分配，车队里有人理所当然地觉得自己受保护就好，克莱尔让做事，也不听，以这个基地又不是克莱尔说了算为理由。
爱丽丝听后，第二天就宣布所有人都需要对基地有所贡献，不管是打扫也好，出去寻找物资也好，或者留下维护基地运转，机械修理等。
然而最安全的后勤位置都已经被女人和小孩占满了，做维护的需要对机械或者电子有所了解属于技术岗，而出去寻找物资，则需要冒风险，有人开始抱怨爱丽丝这是压榨他们，逼他们出去面对丧尸，让他们去送死。
不过还好，目前质疑的声音，比较少，幸存者总数都不足爱丽丝军队，所以即使抱怨，他们依旧该出去的就出去，该做事的做事。
然而这一情况在幸存者人数多起来以后，开始恶化。有人开始说爱丽丝是独裁，而基地需要民主，开始煽动这番言论，并提议推选出议会，在不罢免爱丽丝的情况下，但是爱丽丝需要和议会商量关于基地的运行和条例。
这一情况在新的基地开发后，矛盾越发明显，爱丽丝克隆人们大多被送到了新的基地，而爱丽丝本体也时常不在这个基地。她只能在每次回来的时候，听到克隆爱丽丝向自己汇报基地的情况。
爱丽丝有些心累，其实她更适合去战斗而不是管理，她多次向克莱尔提出，希望她暂代这边的管理人，然而克莱尔却拒绝了，“这个基地是你和传说中的三人打下来的，我可以帮助你管理基地，但是我没有资格代替你成为管理人。”
同样的话卡洛斯也说过，信任的人不愿意，其他愿意的人爱丽丝又信不过。
然而爱丽丝的困境，却在麦考夫回到基地的当天，就被麦考夫轻而易举地解决了。
麦考夫听爱丽丝描述了现状后，立即就召开了一个全员大会。基地幸存者都是听说过麦考夫他们的故事，也知道他们在和邪恶的保护伞公司做斗争，不停制造麻烦，才会让他们无暇顾及这个从保护伞手中夺下，供与他们这些不停流浪的幸存者们。和在基地对他们‘发号施令’的爱丽丝相比，麦考夫三人简直就是这些幸存者们的白月光，最低崇拜起步，最高把他们当做神也不为过。
麦考夫在会上直接宣布了一套在基地——所有代号为希望的基地中通用的制度。其中包括了基本的义务规范，譬如进入基地的都要进行登记个人信息包括自己的技能，不得背叛基地等。
奖惩机制，不再有任何强制性的劳动，但是所有任务都会被定级评分，完成的人可以得到相应的分数，基地只提供免费的住所，吃穿以及后期的晋级稳定的职位需要相应的分数。上层职位包括爱丽丝之下的三个协管人员，属于管理层，由累计贡献分数前三的人担任，而在任务系数中，出去寻找物资往往是在基地内做后勤的几倍，如果物资丰厚还有额外的分数奖励，在途中清理的丧尸数量也可做额外的奖励。负分以及违反其他各项基本行为准则——不得斗殴等，会有对应的惩罚机制。协管之下，还有监管员，类似文明社会时期的公务员，负责记录大家的分数，是否有误报功劳等。非负分或者违规者皆有投票权，在这基本制度下，如果要修改任何行为准则条例等等，可找协管商量，由协管发出投票。
贡献分不仅可以兑换，吃穿，还可以兑换武器，当然基地内禁止携带武器，以免内斗。甚至，可以兑换射击、格斗课程等。
……
麦考夫不带停顿地说出